甘肅中醫藥大學1990年獲得碩士學位授權資格，是甘肅省唯一一所具有碩、博士研究生培養資格的省屬醫學院校。現有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士學位授權一級學科；有中醫學、中藥學、中西醫結合、臨床醫學、生物醫學工程5個碩士學術學位授權一級學科，涵蓋了中醫基礎理論、中醫臨床基礎、中醫醫史文獻、方劑學、中醫診斷學、中醫內科學、中醫外科學、中醫骨傷科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫五官科學、針灸推拿學、民族醫學、中醫老年病學、敦煌醫學、中西醫結合基礎、中西醫結合臨床、中西醫結合護理、中藥學、內科學、兒科學、老年醫學、神經病學、精神病與精神衛生學、皮膚病與性病學、影像醫學與核醫學、臨床檢驗診斷學、外科學、婦產科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫學與理療學、運動醫學、麻醉學、急診醫學、比較醫學、生物醫學工程38個二級學科碩士學術學位授權點；有中醫學、中藥學、臨床醫學、護理及公共衛生5個碩士專業學位授權一級學科，涵蓋了內科學、兒科學、老年醫學、神經病學、精神病與精神衛生學、皮膚病與性病學、影像醫學與核醫學、臨床檢驗診斷學、外科學、婦產科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫學與理療學、運動醫學、麻醉學、急診醫學、中醫內科學、中醫外科學、中醫骨傷科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫五官科學、針灸推拿學、民族醫學、中西醫結合臨床、全科醫學、臨床病理學28個二級學科碩士專業學位授權點。并于2014年11月獲批設立中醫學博士后科研流動站。

　　學校擁有一支高水平的師資隊伍，有博士生導師86人，碩士生導師541人。自1992年至2020年，招收培養全日制研究生2475人，已授予學位3116人（含高校教師及同等學力申請碩士學位人員）。目前全日制在校研究生2118人，其中碩士研究生1993人，博士研究生125人；同等學力申請碩士學位人員604人。學校在研究生培養過程中著力加強中醫藥服務體系建設，弘揚中醫藥文化，提升服務能力，已成為甘肅乃至西部地區教育、科研、醫療、保健、產業、文化的重要基地。千余人博碩士畢業生充分發揮人才智力和產學研協同創新優勢，推進中藥產業發展升級和中醫藥強省建設，促進全省醫療衛生事業發展；同時，充分發揮學校在傳承發展中醫藥文化方面的優勢，在甘肅省衛計委的大力支持扶助下自2010年起開設“西醫學習中醫”、“中醫學習經典”碩士學位課程班八期，培養學員350余名，其中已獲得碩士學位人員接近半數，為提高基層醫療衛生單位醫護人員學歷層次水平做出了應有貢獻。

　　一直以來，學校始終把發展研究生教育視為建設高水平大學的關鍵，始終以“提高研究生培養質量”為核心，秉承“能撐起屋脊者皆為棟梁”的人才觀,不斷調整和完善高層次專門人才的成才機制，努力營造濃厚的學術氛圍，激發研究生的科研創新能力。近年來我校研究生科研論文水平不斷提高，在校研究生在國內外核心期刊上發表論文的數量穩步提升，表現出巨大的科研潛力。同時，為貫徹落實教育部、國家衛生計生委、國家中醫藥管理局等六部門聯合印發的《關于醫教協同深化臨床醫學人才培養改革的意見》精神，我校在研究生教育教學改革方面做了大量工作，結合住院醫師規范化培訓工作起草了中醫專業碩士學位和臨床醫學專業碩士學位培養方案，結合公共衛生碩士、護理碩士專業學位培養要求制定了相應的培養方案。在研究生培養過程中強化導師責任制，重視導師考核，狠抓開題，嚴格培養環節，規范論文送審和查重，夯實科研和臨床能力，研究生的培養質量穩步提高。近年來，學校進行了一系列研究生教育教學內容和課程體系改革，積極加強課程建設，嚴格研究生導師遴選與培訓，不斷提升導師指導水平，注重研究生的創新意識和創新能力培養。通過多年的研究生培養實踐，學校不斷強化研究生管理，逐步建立和完善學位與研究生教育的各項規章制度，學校的研究生管理工作更加科學、規范，研究生教育質量不斷提高。學校畢業的研究生以其深厚的知識素養、出色的實踐受到用人單位的廣泛贊譽。

　　隨著研究生培養質量的提高，畢業研究生總體就業情況良好。至2020年7月，共有畢業研究生2475人，就業單位以醫療衛生單位、科研單位和高校為主，一次就業率達80%以上。累計有100余名應屆畢業生考取北京中醫藥大學、上海中醫藥大學、廈門大學等院校的博士研究生繼續深造。